Esta entrega incluye un modo de dificultad menos exigente con controles táctiles adaptados al dispositivo. También estrena el modo Ninja Race en el que los jugadores compiten para completar los niveles en el menor tiempo posible, mientras recogen elementos y bonificaciones que mojaran su velocidad.
Ninja Gaiden Sigma 2 Plus es una versión mejorada del juego de PlayStation 3, que a su vez es una conversión "ampliada" del título de Xbox 360.
